自2005年产值月开始，根据填埋规范，市政污泥已经禁止在填埋场存放。污泥处置目前主要通过污泥农用（包括林肥和生态修复等土壤消化方式）和焚烧这二条途径进行。
虽然从2008年德国HESSEN州的污泥处置情况分析，50%以上的市政污泥是通过农用和生态修复等方式被处置，但近年来，围绕对市政污泥的农用和其他形式的回收利用问题，在德国业内就以下问题进行了多次广泛激烈的讨论和争论：1.市政污泥农用事实上究竟有多大危险？2.有哪些经济可行同时生态环保的市政污泥替代处置方法？
从2012年的污泥会议情况来看，业内主流意见认为市政污泥不是经济肥料。而是垃圾产品，必须从更为合适的方法进行回收利用或环保方式进行处置。
虽然市政污泥含有一些营养成分例如氮和磷，在理论上可以坐拥农肥使用。根据法律，市政污泥仍然允许可直接或者在好氧堆肥之后散放到农田，但因为有害物质会在土壤内累计，从而始终是一个未能澄清的问题。
处于这一原因，例如在德国巴州和巴腾符州，整个瑞士和奥地利的部分州已经开始禁止市政污泥农用。而在有些欧洲国家，比如荷兰、比利时和瑞典队污泥中有害物质的浓度限值如此严格，市政污泥农用几乎已经不再可能。
市政污泥中除了重金属含量和非降解絮凝剂外，最为有害的物质是有机有害物质，即所谓“内分泌作用物质”，都是一些来自药物、农药或者软化剂的激素物质，只需很低浓度就能改变生物的有机物性能。例如，目前在市政污泥内已经出此案避孕药的残留物质。
如果采用焚烧法处置市政污泥，这些处理工艺可以彻底摧毁有害物质。
国新版市政污泥规范已经规定：市政污泥自2015年开始农用时，则要求对市政污泥内有害物质的浓度必须根据德国肥料规范内确定的标准来执行。这就是说，今后污泥农用在德国将变得更加困难。从最近几年的污泥处置趋势来看，不管是德国HESSEN州还是整个德国，污泥农用比例逐年下降，焚烧比例将不断攀升。
